Международный проект «Протеом человека», о начале которого было объявлено 23 сентября 2010 года в Сиднее, является логичным продолжением проекта «Геном человека». Координатором выполнения российской части проекта «Протеом Человека» является Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича. Основная цель проекта «Протеом человека» — инвентаризация всех белков человека и выяснение взаимодействий между ними. Одним из результатов выполнения проекта должна стать карта интерактома белков человека.
Целью данного проекта является выявление сходства и различий между интерактомными профилями сплайс-вариантов одного белка. Источником данных для построения интерактомных профилей является протеомный ресурс GPMDB, среди прочего содерщащий результы идентификации белков, полученных методом аффинной очистки (AP-MS). В проекте предполагается использование так называемого метода виртуальной ко-преципитации (ВКП). Метод заключается в выявлении белков, совместно идентифицированных в наборе экспериментов, выполненных методом аффинной очистки в сочетании с масс-спектрометрией. В основе ВКП лежит гипотеза, что взаимодействующие белки должны чаще идентифицироваться совместно в масс-спектрометрических экспериментах, чем не взаимодействующие.
Задачи 1. Из базы данных GPMDB получить список экспериментов, выполненных методом аффинной очистки (AP-MS).
• Убедиться в специфичности экспериментов;
• Проверить, что эксперименты выполнены для белков человека.
2. Для каждого эксперимента получить список белков, детектированных в нем и перечень пептидов, по которым идентифицировали белки. Удалить белки, которые были идентифицированы по критериям, не удовлетворяющим требованиям HUPO (
http://www.thehpp.org/guidelines/). Разделить идентифицированные белки на канонические изоформы, сплайс-изоформы и те, где невозможно определить изоформу.
3. Для каждого белка построить его интерактомный профиль: перечень белков, с которыми он был идентифицирован в одних и тех же экспериментах.
4. Выявить случаи, в которых интерактомный профиль канонической и сплайс-изоформы существенно отличаются. Предоставить гипотезу биологического значения этого различия.
Требования/пожелания к участникамНавык работы с базами данных – формирование запросов в автоматическом режиме.
Владение языком программирования для автоматической обработки текста.
Понимание особенностей дизайна масс-спектрометрических экспериментов, в частности экспериментов с использованием афинной очистки (AP-MS).
Знание строения, структуры белков и методов их идентификации.
Понимание структуры и умение работать с такими ресурсами как UniProt, GPMDB.
Навык статистической обработки данных.
ПРЕЗЕНТАЦИЯ